Томская епархия в наши дни является одной из 257 епархий Русской Православной Церкви. В её каноническую территорию входят город Томск и семь районов Томской области: Томский, Кожевниковский, Шегарский, Асиновский, Первомайский, Зырянский и Тегульдетский. В ее состав входят 90 приходов, один монастырь и духовная семинария. Церковная жизнь верующих сосредоточена вокруг храмов и часовен, некоторые из которых сохранились с дореволюционных времен, другие - построены в наши дни. Повсюду ведется реставрация возвращенных епархии храмов, а также строятся новые церкви и часовни - в настоящий момент ведется строительство 20-и новых храмов. Богослужения и Таинства, совершаемые в храмах, освящают жизнь человека, преображают его. Здесь человек духовно рождается в Таинстве Крещения, здесь освящает свою жизнь в Таинствах миропомазания, венчания, соборования, исповеди, соединяется со Христом в Таинстве причащения.

Особое значение имеет и внехрамовая соборная молитва.  Стали традиционными для Томска общегородские Крестные Ходы.  В Дни славянской письменности и культуры бывает Крестный Ход на Новособорную площадь, где на месте разрушенного в годы гонений Троицкого собора, возносится под открытым небом молитва о граде Томске, Томской епархии и всех кто живет и трудится на Томской земле.  В канун праздника Происхождения древа Креста Господня (13 сентября) для освящения и благocловления города с Крестным Ходом несется святой Крест, к которому в особой капсуле прикреплена великая святыня - частичка того Креста, на котором за нас пролил свою кровь Спаситель мира. В наши дни постепенно возрождаются и колокольные звоны, которыми раньше славился Томск. Воссозданы звонницы многих храмов: Богоявленского и Петропавловского соборов, Троицкой церкви, Богородице-Алексиевского мужского и Свято-Никольского женского монастырей, церкви святителя Николая в г. Стрежевом, Спасского храма в с. Коларово.

Движимая заботой о духовном просвещении народа, желанием открыть перед человеком сокровища святого Православия, Церковь не ограничивается храмовой проповедью.  Томская епархия ежемесячно выпускает газету "Томские епархиальные ведомости", где на ряду с освещением событий современной церковной жизни публикуются статьи о наших святынях, о молитве, о законах духовной жизни. При большинстве храмов Томской епархии созданы библиотеки православной литературы.  Библиотека Богородице-Алексиевского монастыря, куда может записаться каждый желающий, насчитывает более 5000 наименований книг.  При библиотеке есть читальный зал.

Особую заботу церковь проявляет о детях.  Многие приходы епархии организовали работу детских воскресных школ, наиболее крупными из которых являются школы при Богоявленском кафедральном соборе, Богородице-Алексиевском монастыре, Троицком, Знаменском и Александро-Невском храмах г. Томска, при Богородице-Владимирском храме г. Северска.  Дети изучают Закон Божий, церковное пение, познают Бога сами, а иногда помогают найти дорогу к храму и своим родителям.  Ежегодно в епархии проходят летние и зимние православные лагеря отдыха, где проводят каникулы не только дети воскресных школ, но и дети из школ-интернатов.  В пасхальные рождественские дни дети под руководством педагогов готовят интересные праздничные концерты.  При епархиальном управлении работает Отдел по делам молодежи. Томская епархия поддерживает добрые отношения с высшими и средними учебными заведениями.  Стали традиционными ежегодно проводимые совместными усилиями церкви, областной и городской администраций и вузами Духовно-исторические Кирилло-Мефодиевские чтения.

Обращая внимание на душу человека, Церковь не забывает и о земных человеческих нуждах.  Дела любви и милосердия были всегда неотъемлемой частью жизни верующих. При Троицком храме г. Томска существует приют для престарелых. Большая работа проводится Церковью в местах заключения.  Во всех исправительных учреждениях области есть храмы или часовни, духовенство и миряне проводят там богослужения, общаются с заключенными, помогают им встать на путь исправления. Также открыты храмы или часовни во многих лечебных учреждениях. В своем служении Церковь активно взаимодействует с различными государственными и общественными организациями, и различными ветвями власти.  Нас объединяет общая озабоченность вопросами духовно-нравственного возрождения народа, восстановления некогда разрушенных храмов, большинство из которых были историческими и архитектурными памятниками.

Наглядным результатом плодотворного сотрудничества Томской епархии и администрации Томской области явилось восстановление Богоявленского собора, ставшего достойным украшением центра города, духовно-административным центром Томской епархии.

Замечательным событием в жизни Томской епархии стало посещение ее Святейшим Патриархом московским и всея Руси Алексием II.  Предстоятель Русской Православной Церкви отметил позитивные изменения, произошедшие в жизни Томской епархии, города Томска и томской области за 10 лет, прошедших со времени его первого визита в наш город.  Его Святейшество посетил Томский государственный университет, Томский политехнический университет, встретился со студентами Томской духовной семинарии.  Патриарх освятил новое здание Епархиального управления, новопостроенную Иверскую часовню.  Он совершил богослужения в Петропавловском и Богоявленском соборах, Казанском храме Богородице-Алексиевского монастыря, Спасском храме с. Коларово.  В завершении своего визита Первосвятитель освятил построенный в г. Северске храм в честь Владимирской иконы Божией Матери.