Эта часовня была постороена на месте, освященном молитвой наших благочестивых предков. Именно здесь находилась церковь во имя Преображения Господня, которая строилась с 1848 по 1868 год на средства томского купца Ерлыкова С.В., почему в народе получила название “Ерлыковской церкви”. 14 октября 1868 года она была освящена епископом Томским и Семипалатинским Платоном. Храм был каменным, трехпрестольным, построенным в архитектурном стиле “Сибирское барокко” с элементами классицизма. После революции, 26 марта 1935 года, церковь была закрыта, а в 1936 году разрушена.

В 2002 году на месте разрушенной Спасо-Преображенской церкви по инициативе и на средства Союза ликвидаторов аварии на Чернобольской АЭС началось строительство часовни и сквера в молитвенную память о тех, кто принял участие в работах на Чернобольской АЭС после трагедии 1986 года. Осенью 2003 года мемориальный комплекс – сквер с часовней в центре - был готов. В воскресенье, 26 октября 2003 года, новосооруженная часовня была освящена и названа как и находившаяся на этом месте церковь, Спасо-Преображенской.

В восемьнадцатый с половиной год со дня трагедии в Чернобыле, в первую годовщину открытия часовни, под ее сводами возносилась молитва о здравии и благоденствии тех, кто, жертвуя жизнью и здоровьем, противостоял катастрофе. О тех, кто не дожил до сегодняшнего дня и уже пребывает в вечности, была совершена заупокойная лития.