На протяжении столетий томский мужской монастырь был центром духовной жизни и церковного строительства в центрально-сибирском регионе. Вплоть до назначения на томскую кафедру первого епископа настоятель монастыря по поручению тобольского митрополита осуществлял руководство всей церковной жизнью на огромной территории от Оби до Енисея, являясь заказчиком Томского округа Сибирской епархии. В 1746 году в стенах Богородице-Алексиевского монастыря была открыта первая в городе школа, ставшая колыбелью системы образования одного из ведущих учебных центров России.

В ограде Томского Богородице-Алексиевского монастыря нашли вечное упокоение многие видные гражданские и церковные деятели, в том числе томские воеводы, губернаторы, епископы. Особо выделяется среди них – святой праведный старец Феодор, который, по свидетельству знаменитого подвижника XIX века – преподобного Парфения Киево-Печерского, – является «столпом от земли до неба». Подвигом странничества, старческим служением ближним мудрым советом и молитвой этот святой на деле явил в своей жизни высоту христианского совершенства, став образцом для подражания и небесным заступником как для насельников томской обители, так и для всех с верою и молитвой приходящих к его мощам, пребывающим ныне в Казанском храме Богородице-Алексиевского монастыря.

Опустошенный в годы гонений на Церковь томский мужской монастырь был вновь открыт в 1992 году. В 1995 были обретены мощи святого Феодора, ставшие главной святыней обители и всей Томской епархии.

К празднованию 400-летия Богородице-Алексиевского монастыря было приурочено принесение в Томск Почаевской иконы Пресвятой Богородицы. 3 дня святыни пребывала в стенах обители, явившись благословением монастырю на новое, пятое, столетие его существования. Тысячи людей посетили монастырский храм в эти дни. Еще раньше томская обитель обрела храмовую святыню – древний список Казанской иконы Божией Матери, которая была принесена в монастырь ровно год назад.

В юбилейных торжествах приняли участие руководители области и города, а также гости из сибирских епархий. Праздничное богослужение в монастыре возглавил архиепископ Томский и Асиновский Ростислав. Ему сослужили епископ Абаканский и Кызылский Ионафан и епископ Прокопьевский Амвросий. Среди праздничных мероприятий – проведение выставки об истории томского монастыря в областном краеведческом музее, открытие мемориальной доски, посвященной первому учебному заведению Томска, возникшему в стенах обители, установка памятника святому старцу Феодору на месте его загородной кельи.