Домовый храм в честь Трех Вселенских Учителей и Святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста возводится в память церкви, существовавшей в 19 веке на территории обители при резиденции первых томских архиереев. Сегодня потребность в дополнительной церкви у монастыря особенно острая. Она вызвана полномасштабными реставрационными работами, которые начались в этом году в единственном монастырском храме. На определенном этапе эти работы потребуют полностью закрыть Казанский храм, что могло бы привести к прекращению богослужебной жизни в обители на неопределенный период. Скорейшее завершение новостроящегося храма позволит избежать этой серьезной для жизни любого монастыря угрозы.

Трехсвятительская церковь является домовым храмом при новом корпусе Богородице-Алексиевского монастыря, в котором наряду с церковью разместятся братские кельи, воскресная школа, паломническая гостиница. В основе архитектурного решения этого храма лежит ориентация на традиции русского церковного зодчества домонгольского периода, вобравшие в себя лучшие достижения византийской христианской культуры. Этим объясняется, в частности, и сферическая, а не более поздняя луковичная, форма купола. Сам купол представляет собой металлокаркасную конструкцию обшитую листами металла с нитрид-титановым покрытием «под золото». Эта современная технология позволяет создавать купольные покрытия не уступающие по внешнему виду, но более долговечные, чем покрытия из сусального золота. Купол и крест изготовлены по заказу Томского Богородице-Алексиевского монастыря уральским предприятием «Морион».