Большую часть своей жизни святитель Макарий (57 из 90 лет) совершал своё служение в Томской епархии: сначала в качестве миссионера Алтайской духовной миссии, зачем её начальника, викарного (Бийского), а затем и правящего архиерея Томской епархии. Святитель Макарий отличался глубоким благочестием, христианским смирением и простотой, молитвенным настроем. Еще при жизни он получил от Бога дар чудотворения. Поток благодатной помощи по молитвам угодника Божия не оскудевает и после его кончины.

В 2000 году на Архиерейском соборе Русской Православной Церкви святитель Макарий был причислен к лику святых, а в июне 2011 года в Троице-Сергиевой Лавре произошло обретение его святых мощей. От Томской епархии в комиссию по обретению святыни входили митрополит Томский и Асиновский Ростислав, и архимандрит Силуан (ныне епископ Колпашевский и Стрежевской).  27 октября 2011 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла часть мощей святителя (его десница, то есть правая рука) была доставлена в Томск для постоянного пребывания в Богоявленском соборе. Об этом подробно в свое время писали «Томские епархиальные ведомости». 

 Перед мощами святителя Макария многие томичи и паломники получают благодатную помощь: исцеление от болезней, избавление от скорбей, помощь в трудных жизненных ситуациях.

Надгробная плита над могилой святителя Макария

Студенты ТДС с ректором перед гробницей св. Макария в 2005 г.

Обретение мощей святителя

Поднятие святых мощей из могилы

Накануне праздника, 28 февраля, в Богоявленском соборе города Томска было совершено Всенощное бдение, которое возглавил митрополит Ростислав. За богослужением молилось духовенство собора и других храмов епархии, студенты Томской духовной семинарии, многочисленные миряне. После прочтения Евангелия преосвященный архипастырь произнес проповедь, в которой, рассказав о силе молитв угодника Божия, призвал почаще и с усердием обращаться к нему с молитвой. Затем все богомольцы имели возможность приложиться к мощам святителя и чудотворца Христова Макария, и были помазаны освященным елеем.

 Хотелось бы привести несколько ярких эпизодов из жития святителя Макария (Невского):

«Господь нередко через него совершал чудеса. Тяжело болел мальчик Алас в одном далеком аиле близ озера Канунь. Он бредил, лицо было обезображено. Отец больного привез к нему отца Макария. 

— Оспа, да? — сказал гость, подходя к бредившему ребенку, — Бедный Алас... закройте вход... вот, я привез масло, святое масло, я помажу его...

Мальчик пришел в себя, его руки с трепетом протянулись к священнику... Присев у огня и гладя его горячую головку, священник стал говорить о Рождестве, о тайне искупления просто, понятно, тихо и спокойно. И старый хозяин юрты, и мать ребенка, и больное дитя слушали жадно, пока мальчик не уснул успокоенный, сжимая крест в худенькой смуглой руке. 

— Ну, мне надо ехать, — сказал миссионер. — Ему лучше, Кургай, он выздоровеет...

И, склонившись к ребенку, начавшему дышать тихо и ровно, он поцеловал распухшее личико, не боясь заразиться, и вышел, спокойный и тихий, во мглу морозной ночи, совершив свое дело любви. Мальчик поправился.  

Известен рассказ об исцелении отцом Макарием алтайца, находившегося по понятиям медицины в безнадежном состоянии. У больного была запущенная гангрена. Заклинания не помогли. Больной худел, тяжело страдал, а родственники избегали его как порченого. К физическим страданиям присоединились и нравственные. В таком положении, находясь в состоянии отчаяния, больной издалека едет вместе с женой к отцу Макарию в смутной надежде найти у него помощь. Отец Макарий обмыл руку и, порывшись в аптечке, нашел лекарство. 

— Прими это внутрь, — ласково говорит он язычнику,— и думай о Боге, Творце мира, о Христе, исцеляющем недуги, проси Его: Христос, исцели!

— Христос, исцели! — сказал алтаец, как заклинание, трепещущим голосом, и его жена повторила его слова.

Вера отца Макария передалась им и зажгла в их сердцах надежду. Через некоторое время алтаец выздоровел и крестился. Духовная семья отца Макария увеличилась.

Делу обращения алтайцев много способствовало обаяние светлой личности миссионера, в любую погоду спешившего на помощь страждущему. Отец Макарий «обладает каким-то особым секретом располагать и притягивать к себе всех, с кем он встречается. Он не просто проповедует. Он входит в подробности жизни ближнего, знакомится с его нуждами, а затем уже просвещает его... Даже когда он нездоров и его лихорадит, он не бережет себя: служит, проповедует, лечит», — писал о миссионерском служении отца Макария его современник. 

Известен случай, когда отец Макарий высосал яд из ноги мальчика, укушенного змеей. Проводник его, местный житель, предостерег: «Если тебе попадет яд, ты умрешь». Миссионер спас мальчика и остался жив. Это происходило в присутствии родственников, в том числе отца мальчика, встретившего сначала появление миссионера в этих местах злобными угрозами. Они никогда не видели проявления столь жертвенной любви. «Сколько было случаев, когда отец Макарий подвергался явной опасности, и он шел на нее спокойно и уверенно, если видел, что это необходимо для спасения вверенного ему духовного стада. Особенно памятен случай, когда отцу Макарию угрожала опасность быть убитым озверелой толпой. Был праздник, отец Макарий только что закончил службу в церкви, как ему сообщают, что в одном из селений часть инородцев возмутилась и пошла с кольями на другую... Многие были уже тяжело ранены, были и убитые... Как ни отговаривали отца Макария, указывая ему на явную опасность, он остался непреклонен. Он немедленно отправился туда, и его появление поразило дерущихся своей неожиданностью. Вначале оно их как будто еще более озлобило. Слова увещания не действовали.

— Зачем он здесь? — закричал предводитель одной из сторон и ударил отца Макария.

— Вот тебе! — крикнул он.

Отец Макарий упал, но быстро поднялся и продолжал говорить. Смелые, ясные глаза миссионера и его бесстрашная проповедь покорила обе враждующие стороны... За минуту [до того] дикие и полные гнева, алтайцы теперь окружили его, целовали его руки и просили у него прощения».