Здание не понравилось городскому голове Захарию Цыбульскому, и храм по новому проекту в неорусском стиле с двойным пятиглавием и богатым наружным декором построил архитектор Виктор Хабаров. Здание церкви примыкало к исправительному арестантскому отделению №2.

Интересные факты из истории храма:

Освящена церковь была 12 апреля 1880 года во имя святого благоверного князя Александра Невского (в память об императоре Александре II).

 Первый певческий хор храма состоял из числа заключенных.

В Арестантском исправительном отделении, которое примыкало к храму, отбывал срок известный революционер С.М. Киров, именем которого назван проспект в Томске и сапоги на памятнике которому каждый год красят томские студенты после защиты диплома.

В 1920 году тюремная церковь была закрыта, купола и главки храма были разрушены, кресты сбиты. Красивый узорчатый кирпичный декор наружных стен был стёсан и превращен в безликие унылые плоскости. Внутреннее помещение храма было разделено перекрытием на два этажа.

С 1929 года по 1980 год в здании располагалось издательство «Красное знамя», работала типография.

В 1992 году одно из частных томских предприятий разместило на втором этаже здания концертный зал для варьете и даже успело сделать несколько представлений в помещении бывшего храма.

После многочисленных обращений духовенства, общественности, интеллигенции и многократных митингов семинаристов Совет народных депутатов осенью 1992 года принял решение передать здание храма святого благоверного князя Александра Невского в качестве семинарского храма Томскому благочинию. Семинаристы активно включились в работу по восстановлению храма. 

Главной святыней храма является икона святого благоверного великого князя Александра Невского с частицей его мощей. Образ святого князя написан талантливым томским иконописцем Георгием Родионовым. 

Красивый резной тамбур у входа в храм соорудил местный резчик по дереву Михаил Шульгин.

15 лет назад, 6 декабря 2002 года, в престольный праздник храма преосвященный Ростислав, епископ Томский и Асиновский совершил с собором духовенства, преподавателями и воспитанниками семинарии Божественную литургию в семинарском тогда храме и возглавил юбилейные торжества в честь 10-летия возрождения Томской духовной семинарии.

Сегодня возрожденный красавец храм Александра Невского празднует очередной престольный праздник!

Храм Александра Невского, конец ХIХ в.

Снимок сделан в июле 2002 года.

Главной святыней храма является икона святого благоверного великого князя Александра Невского с частицей его мощей. Образ святого князя написан талантливым томским иконописцем Георгием Родионовым.