Томская область входит в число 19 регионов России, в которых проходит апробация нового школьного курса Основы религиозных культур и светской этики. По официальным статистическим данным на ноябрь 2010 г. по Томской области модуль «Основы православной культуры» (ОПК) выбрали лишь 19% родителей учеников 4-х классов — это довольно низкий показатель среди регионов-участников эксперимента.

Причинами такого выбора явились, с одной стороны, плохая информированность родителей школьников и, как следствие, неправильное понимание целей и содержания нового учебного курса и модуля «Основы православной культуры». С другой стороны, с введением нового предмета в школах возникают серьёзные организационные трудности, не до конца решены проблемы с оплатой труда педагогам, нехваткой учебников.

Руководство Епархии активно включилось в процесс урегулирования возникших проблем. В ходе разъяснительных бесед с преподавателями и родителями, которые проводили священники Епархии, во многих случаях предвзятое отношение к предмету сменилось интересом. Для школ области было закуплено и благотворительно распространено более 1000 учебников по ОПК и дисков-приложений. Активным учителям, преподающим или желающим преподавать «Основы православной культуры», была оказана материальная помощь. Во многих школах области настоятели Приходов за церковный счет произвели ремонт помещений, закупили необходимую оргтехнику, тепловые завесы и прочее.

На 16 февраля 2011 г. в Томской области Основы православной культуры начали изучать уже 24,5 % учеников 4-х классов. Предполагается, что эта цифра ещё возрастет по мере роста информированности родителей о содержании курса ОПК.