Но воистину беспримерным было почитание иконы Божией Матери Казанской. До 1917 года в Российской империи всех Ее икон насчитывалось до десяти миллионов. Почитание это было знаменательно не только благодетельным участием Царицы Небесной от Ее иконы Казанской в личных судьбах православных, но и могущественным покровительством Ее Российской державе.

По взятии Казани в 1552 году царь Иван Васильевич заложил собор преславному Благовещению Царицы Небесной. Первые десятилетия утверждения Православия в Казанском крае стали для России временем включения в состав ее Поволжья и выхода на Урал и в Сибирь. Новая эпоха исторического бытия России связана со святым образом Царицы Небесной, явленным в Казани в 1579 году.

Для Казани это был год страшного бедствия: половина города была уничтожена пожаром. Девятилетней дочери стрельца Матроне явилась во сне икона Божией Матери. В других снах отроковице являлась Сама Царица Небесная, повелевая передать архиепископу и городским властям Свою волю, - извлечь из земли Ее образ и указала место его обретения. Это было место сгоревшего дома родителей Матроны. На этом месте 8 (21) июля была обретена прекрасная икона Божией Матери. Немедленно весть о явлении святого образа облетела город. На поклонение ему пришли архиепископ и воеводы. Икона была торжественно перенесена в находившуюся поблизости церковь св. Николая Тульского. Промыслительно было настоятельство в этом храме священника отца Гермогена, впоследствии Патриарха всея Руси.  Чудотворения от новоявленного образа начались немедленно по его обретении. С того времени и поныне от образа Своего, явленного в городе Казани, Царица Небесная щедро раздает Свою благодатную помощь всем православным с верою и надеждой к Ее защите прибегающим.

Первые сибирские монастыри стали появляться в конце XVI века – с началом освоения Сибири. Пришедшие сюда завоеватели не отличались высокими нравственными качествами: русские не носили на себе крестов, не соблюдали постов, были известны их беспечность и распутство. Поэтому были особенно необходимы благочестивые обители, которые являли бы образец истинно христианской жизни, и Церковь по возможности заботилась об устройстве монастырей в Сибири.

Как известно, Томский острог был построен осенью 1604 года.  Имеется вполне достоверное свидетельство, что в 30-х годах XVII столетия близ Томска существовала мужская Богородице-Алексиевская обитель. Первый монастырский храм был построен недалеко от речного берега и вскоре во время сильного разлива вод берег под церковью был подмыт, а храм снесен водой. Новая церковь была построена также во имя Пресвятой Богородицы – в честь явления ее иконы во граде Казани. Эта церковь, одна из первых в России, освященных в честь Казанского образа, просуществовала до 1656 года. В том году храм сгорел, возможно был сожжен инородцами, столкновения с которыми были нередки.   В течение последующих лет город многократно подвергался опустошительным пожарам и перестраивался.  Отстраивался заново и монастырский Казанский храм, пока  наконец в 1789 году не была освящена новая каменная трехпридельная церковь с колокольней.  Главный придел был освящен в честь явления иконы Божией Матери во граде Казани. Южный придел – во имя преподобного Алексия, человека Божия (построен в 1779 году), а северный придел – во имя святых мучеников Флора и Лавра. 

В 1922 году монастырь перестал существовать, но при Казанском храме по-прежнему была община верующих. В октябре 1924 года вышло постановление Губисполкома о регистрации общины при Казанской церкви и передаче ей в бесплатное и бессрочное пользование храма и его имущества. Постановлением Горсовета в 1929 году договор о передаче храма и имущества был расторгнут по обвинению в несоблюдении общиной условий договора. Здание была закрыто и опечатано, а имущество передано в пользование Никольской и Петропавловской общинам.

В начале 1990-х годов началось возрождение монастыря - свидетельство того, что Покров Царицы Небесной не отнят от России, что Она, Заступница усердная рода христианского, смотрит на нас со вниманием, желая узнать в нас народ, некогда столь возлюбленный Ею.

Заступнице усердная, Мати Господа Вышняго, за всех молиши Сына Твоего, Христа Бога нашего, и всем твориши спастися, в державный Твой покров прибегающих. Всех нас заступи, о Госпоже Царице и Владычице, иже в напастех и скорбех и в болезнех, обремененных грехи многими, предстоящих и молящихся Тебе умиленною душею и сокрушенным сердцем пред пречистым Твоим образом со слезами, и невозвратно надежду имущих на Тя, избавления всех зол, всем полезная даруй и вся спаси, Богородице Дево: Ты бо еси Божественный покров рабом Твоим.
(Тропарь Пресвятой Богородице перед Ея иконой, именуемой "Казанская")