Купол — одно из самых примечательных мест в любом храме. Купол — это образ духовного неба. Очень часто на Руси купола своим видом, материалом из которого они были изготовлены, напоминали пламя свечи возжженой перед Престолом Божиим.

Первоначальные купола собора не сохранились. В послевоенное время, когда храм был возвращен Церкви, были установлены временные купола и кресты, которые и находятся на храме сегодня. Изготовленные в трудное время они постепенно обветшали и было принято решение о замене их на новые, которые более подходили бы архитектурному решению храма и соответствовали русской храмоздательной традиции. Средства для изготовления куполов были собраны прихожанами Петропавловского собора.