Томская Духовная Семинария - одно из самых старых учебных заведений города Томска- была открыта 21 сентября 1858 года стараниями епископа Парфения (Попова). В ней обучалось около 200 человек. Первоначально семинария не имела своего помещения и располагалась в архиерейском доме, но заботами святителя Макария (Невского) в 1899 году она перешла в новое, специально построенное для нее здание. После революции 1917 года семинария была закрыта. Весной 1991 года Сибирь впервые принимала Всероссийского Патриарха. Посетив старейший сибирский город Томск и ознакомившись с церковной и общественной жизнью "Сибирских Афин", Святейший Патриарх Алексий II дал высокую оценку Томску как крупному образовательному центру в Сибири, но при этом высказал свое сожаление о том, что в широком спектре предлагаемого молодежи обучения отсутствует духовное образование. И Патриарх благословил возродить в Томске духовную семинарию.

Сектор заочного обучения был организован в 1992 году, первый выпуск состоялся в 1996 году. За годы с 1996 по 2011 его окончило 226 студентов. В настоящее время студентами Сектора заочного обучения являются более 200 священно- и церковнослужителей из различных епархий Русской Православной Церкви.