Томская Духовная Семинария - одно из самых старых учебных заведений города Томска- была открыта 21 сентября 1858 года стараниями епископа Парфения (Попова). В ней обучалось около 200 человек. Первоначально семинария не имела своего помещения и располагалась в архиерейском доме, но заботами святителя Макария (Невского) в 1899 году она перешла в новое, специально построенное для нее здание. После революции 1917 года семинария была закрыта. Весной 1991 года Сибирь впервые принимала Всероссийского Патриарха. Посетив старейший сибирский город Томск и ознакомившись с церковной и общественной жизнью "Сибирских Афин", Святейший Патриарх Алексий II дал высокую оценку Томску как крупному образовательному центру в Сибири, но при этом высказал свое сожаление о том, что в широком спектре предлагаемого молодежи обучения отсутствует духовное образование. И Патриарх благословил возродить в Томске духовную семинарию.

Осенью 1992 года трудами епархиального архиерея, преосвященного Тихона, епископа Новосибирского и Барнаульского, благочинного Леонида Хараима, при активной поддержке всего духовенства и общественности города совершилось второе рождение Томской духовной школы. Первые годы обустройства возрожденной семинарии напоминали ее жизнь в самом начале исторического пути (1858 год), семинария снова была "скиталицей". Первый набор воспитанников семинарии жил и учился на втором этаже деревянного церковного дома по ул. Алтайская, 47, где священники Петропавловского собора, потеснившись, освободили одну из квартир для семинаристов. Девушки - ученицы регентского и псаломщицкого классов - кочевали по разным домам и даже некоторое время жили и учились в помещениях новооткрытого мужского Богородице-Алексиевского монастыря. Неудобства быта и учебы преодолевались и с лихвой перекрывались необыкновенным энтузиазмом как преподавателей, так и самих студентов.

Позднее семинария разместилась в здании при храме Александра Невского. Там находились и общежитие, и учебные аудитории. Одновременно в центре города, около Богоявленского собора, при поддержке губернатора Томской области В.М.Кресса строились новые корпуса, распахнувшие свои двери перед студентами пастырского отделения в ноябре 2002 года. Семинария - высшее специальное учебное заведение Русской Православной Церкви, задачей которого является подготовка священнослужителей, регентов церковных хоров и псаломщиков. Томская духовная семинария имеет пастырское и регентское отделение, а также курсы псаломщиков. Для священнослужителей, ранее не получивших богословского образования, существует сектор заочного обучения. Срок обучения на пастырском отделении семинарии - 5 лет. Студенты изучают богословские дисциплины, историю, философию, древние и новые языки.Особое внимание уделяется духовной жизни учащихся. Учебный процесс неразрывно связан с молитвой и богослужением, в котором семинаристы принимают активное участие.

Во внеучебное время учащиеся Томской Духовной Семинарии принимают самое активное участие в жизни епархии - помогают священнослужителям в окормлении людей, находящихся в местах заключения, посещают детские дома, осуществляют миссионерские поездки по епархии. Давно полюбились юным томичам ежегодные рождественские и пасхальные концерты, которые семинария готовит для детей. Большим и радостным событием для учащихся Томской семинарии являются паломничества по святым местам России и зарубежья.Ректором Томской духовной семинарии является епископ Томский и Асиновский Ростислав. Под его руководством в семинарии трудятся 40 преподавателей и наставников. В настоящее время в ТДС обучается 228 человек, из них: 80 - на пастырском отделении, 25 - на регентском и псаломщическом, 123 - на секторе заочного обучения.