Сектор заочного обучения был организован в 1992 году, первый выпуск состоялся в 1996 году. За годы с 1996 по 2011 его окончило 226 студентов. В настоящее время студентами Сектора заочного обучения являются более 200 священно- и церковнослужителей из различных епархий Русской Православной Церкви.

Томская Духовная Семинария является высшим духовным учебным заведением, срок обучения составляет 5 лет. Студенты приезжают на сессии 2 раза в год для сдачи экзаменов и прослушивания лекций преподавателей Семинарии. Во время сессий студенты пользуются библиотекой Семинарии, им предоставляется общежитие и питание. В течение 5 лет необходимо освоить более 40 дисциплин и по окончании обучения сдать выпускной квалификационный экзамен. Успешно сдавшим выпускной экзамен выдается диплом установленного образца.